iPhone6: ２本目の指紋を登録

設定 → Touch ID とパスコード → 指紋を追加

で２本目以降の指紋も登録しておける。

両手の親指＆人差し指を登録しておけば足りそう。

参考

http://hiroma20.com/20140920/iphone-touchid-sign-up.html